El 16 de marzo de 1811 los insurgentes salieron de Saltillo rumbo a Chihuahua. El 21 de marzo fueron alcanzados por el capitán de milicias Francisco Ignacio Elizondo, quien fingió ser leal a la insurgencia. Aprovechó el engaño e hizo prisioneros a mil trescientos insurgentes.

Los prisioneros fueron llevados a Chihuahua, donde los enjuiciaron. Hidalgo fue recluido en una iglesia. Entre el 7 y el 9 de mayo se le formó causa criminal. Paralelamente, el Tribunal del Santo Oficio fundó juicio estableciendo 53 cargos en su contra. Entre junio y julio se le interrogó; y mientras tanto se enjuició también a Allende, Aldama, Jiménez, Santamaría y Abasolo. Los cuatro primeros fueron fusilados el 26 de junio y decapitados para exhibir públicamente sus cabezas a manera de escarmiento.