Poco se conoce de la infancia de José María Morelos. El padre, Manuel Morelos, era “menestral de oficio carpintero”; su madre, Juana Pérez Pavón, era hija de un maestro de primeras letras. Tuvo dos hermanos: Nicolás y Antonia. Por la información que el mismo José María Morelos proporcionó al final de su vida, se sabe que doña Juana Pérez Pavón fue una mujer esforzada: ella empujó a su hijo José María a estudiar para buscar una mejor manera de vivir.

Al ordenarse, doña Juana y su hija Antonia acompañaron al cura Morelos a su curato en la tierra caliente. El clima extremoso quebrantó la salud de la madre, por lo que pidió su cambio a un curato de naturaleza más benigna. Mientras la petición se tramitaba, Morelos se vio obligado a enviar a su madre de regreso a Valladolid. En el camino, muy cerca de Pátzcuaro, doña Juana Pérez Pavón murió.