Después de la derrota en Puente de Calderón y la salida de los caudillos Hidalgo y Allende de Guadalajara rumbo al norte, los insurgentes del centro de México vieron la necesidad de reorganizar el movimiento. Con el esfuerzo de Ignacio López Rayón, los derrotados rebeldes pudieron reagruparse y marchar a Zacatecas, para luego buscar la frontera con los Estados Unidos.
Unos días después de la aprehensión en Acatita de Baján, López Rayón partió rumbo a Michoacán, luego de varios enfrentamientos y persecuciones de los realistas. Junto con Benedicto López asentaron su cuartel general en Zitácuaro. Junto con José María Liceaga establecieron una Suprema Junta que organizara las fuerzas dispersas en guerrillas regionales y les diera una línea política clara. Se convocó a los rebeldes de todos los rumbos de la Nueva España; el 19 de agosto (menos de tres semanas después del fusilamiento de Hidalgo), se constituyó la Suprema Junta Nacional Americana.
En enero de 1812 el brigadier Félix María Calleja tomó e incendió Zitácuaro; la Suprema Junta, itinerante, se estableció en distintas poblaciones: Tuzantla, Tlachapa, Sultepec y Amatepec. Luego de la toma de Oaxaca, José María Morelos fue nombrado miembro de la Junta.